- Promover y fortalecer la salud en Costa Rica.
- Promover la medicina nacional para el bienestar de los costarricenses.
- Participar en la preservación de los valores éticos y morales que han caracterizados a la medicina costarricense.
- Divulgar y discutir los problemas médicos de actualidad
- Hacer llegar al Gobierno, las Universidades y los Servicios o Instituciones Médicas en general, la opinión y recomendaciones que estime adecuadas sobre la salud de los costarricenses y la educación médica en el país.
- Estimular la excelencia en la formación de los recursos humanos en salud, así como de los docentes en salud.
- Promocionar, divulgar y discutir la investigación médica nacional por medio de foros, mesas redondas, conferencias y todo otro recurso que considere necesario.
- Asesorar al Colegio de Médicos y Cirujanos respecto a las consultas que formule sobre problemas relacionados con la salud.
- Mantener una posición imparcial y académica en temas de discusión nacional en salud.
- Contribuir al estudio histórico de la medicina.
- Formar parte de la Asociación Latinoamericana de Academias Nacionales de Medicina (ALANAM).
- Propiciar y mantener el acercamiento y las relaciones con otras academias similares en el ámbito nacional e internacional.